传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。

由于太阳发射的超级耀斑导致在地球地底和海底的欧帕兹火花人偶（“スパークドールズ”）熔铁怪兽德玛迦等怪兽复活，从太阳产生的耀斑包围了整个地球。令长眠在大海和地底的火花人偶变成怪兽复活。为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队XIO。殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声音，此后与神秘之光结合而成为了“艾克斯奥特曼”。