故事是讲述大雄一天捡回了一棵小树苗，后来利用多啦A梦的植物自动急速生长液令树苗急速生长和懂得思想和行动。小树成为大家的一份子，后来延伸至植物圣地。植物圣地的人有感地球不断受到污染，让绿油油的树急速消失。此举令圣地的人动火了，绿之星的公主准备率领圣者一起将地球的树夺走，更忽视了小树，因为小树具有绿色巨人的灵魂，大家可以利用它。圣地有所行动了，小树亦对地球的污染感到失望，绿色巨人的灵魂苏醒了。小树摇身一变，成为绿色巨人。大雄等人开始要抢回小树。

大雄捡回了一棵小树苗，为了能养在家中，大雄用哆啦A梦的植物自动化液令树苗获得了运动和思考能力，称其为树小子。某天，大雄和他的朋友们与树小子在后山正玩得开心，突然被一个神秘的UFO带走，来到了宇宙的植物圣地植物星……